内蒙古大学南校区位于呼和浩特市区南部，北侧靠近小黑河，公共交通便捷，可在西侧创业学院站点乘坐1路车（途经通达南站，海亮广场，火车站）或62路（途经内蒙古大学北校区，嘉茂购物中心，九州商厦）到市区，东门恒泰胜都站点也可乘坐26，84路（途经嘉茂购物中心，海亮广场）进入市区，东门内大南校区站乘坐2号线地铁进入市区，此外白天可乘坐校车到达内蒙古大学北校区。